La Comissió gestiona la negociació i aprova els programes de desenvolupament proposats pels Estats, alhora que assigna els crèdits.
Els Estats i les seves regions (comunitats autònomes) administren els programes, gestionen la seva aplicació seleccionant els projectes, i finalment els controlen i avaluen.
La Comissió participa en el seguiment dels programes, compromet i paga les despeses certificades i comprova els sistemes de control establerts.