Funcionament de la CEP:

1. La CEP s'ha de reunir, com a mínim, dues vegades a l'any, amb convocatòria prèvia feta per la persona titular de la Secretaria per ordre de la Presidència.
Sens perjudici del paràgraf anterior, es poden convocar tantes reunions extraordinàries com es considerin necessàries, segons la naturalesa i la urgència de les qüestions per tractar. Les sessions es poden mantenir presencialment o a través de l'ús de mitjans telemàtics.

2. Anualment ha d'elaborar un informe de supervisió del compliment del Codi ètic dels càrrecs públics i assimilats de l'Administració de la Comunitat Autònoma de les Illes Balears. L'informe pot contenir recomanacions i s'ha de presentar al Consell de Govern. Les conclusions i les recomanacions de l'informe seran públiques.

3. Els membres de la CEP estan obligats a mantenir el secret sobre la informació de què hagin tingut coneixement durant l'exercici de les seves funcions; especialment, sobre els fets examinats, el contingut de les investigacions, de les deliberacions i de les decisions adoptades, així com sobre les dades de caràcter personal.
Només poden fer-se públiques les decisions finals sobre el procediment que ja s'hagin notificat a la persona o a les persones interessades.

4. En els casos d'absència, malaltia o qualsevol altre impediment temporal dels membres de la Comissió o en cas que siguin part interessada en l'assumpte objecte de discussió, el règim de substitució de la Presidència i de la Secretaria és l'establert legalment. Quant a les vocalies, les absències de llarga durada que impedeixin el funcionament correcte de la Comissió poden suposar la revocació de la designació com a membres d'aquesta mitjançant un acord del Govern de les Illes Balears, que ha de designar els nous membres en substitució dels cessats.

5. Els càrrecs públics i el personal eventual poden formular a la CEP, en qualsevol moment, totes les consultes que considerin necessàries. Les consultes es faran a través d'una adreça electrònica que es posarà a disposició dels càrrecs i que estarà vinculada a la Secretaria de la CEP.

Els càrrecs públics i el personal eventual que es puguin veure afectats per un conflicte d'interès potencial que col·lideixi o pugui fer-ho amb els seus deures i responsabilitats, han de posar-ho en coneixement de la CEP. Aquesta ha de comunicar la seva resposta en el termini de 15 dies naturals, que es podran ampliar en 15 dies més, també naturals, en els supòsits que així ho requereixin a causa de la seva complexitat.
En cas d'emergència en un possible conflicte d'interès en un procés de presa de decisions, les persones titulars de càrrecs públics, com a mesura cautelar, han d'abstenir-se de participar-hi.